Недорогой метод поиска новых вариантов коронавируса - СТРОИТЕЛЬСЬВО. ПРОМЫШЛЕННЫЕ ПОЛЫ
04.08.2021

Недорогой метод поиска новых вариантов коронавируса

Исследователи из Каролинского института в Швеции разработали технологию экономичного наблюдения за глобальным распространением новых вариантов SARS-CoV-2. Методика представлена ​​в научном журнале Nature Communications .

С начала пандемии были секвенированы тысячи вирусных геномов, чтобы реконструировать эволюцию и глобальное распространение коронавируса. Это важно для идентификации особо опасных вариантов, которые являются более контагиозными, патогенными или устойчивыми к существующим вакцинам.

Для глобального наблюдения за геномом SARS-CoV-2 крайне важно секвенировать и анализировать многие образцы экономичным способом. Поэтому исследователи из лаборатории Биенко-Крозетто Каролинского института и Лаборатории науки о жизни (SciLifeLab) в Швеции разработали новый метод COVseq, который можно использовать для массового наблюдения за вирусным геномом при невысокой стоимости.

Во-первых, многие копии вирусного генома создаются с помощью так называемой мультиплексной ПЦР ( полимеразной цепной реакции ). Затем образцы маркируются и объединяются в одной библиотеке секвенирования с использованием предыдущего метода, разработанного в лаборатории Биенко-Крозетто и теперь адаптированного для анализа SARS-CoV-2.

«Выполняя реакции в очень малых объемах и объединяя сотни образцов в одну библиотеку для секвенирования, мы можем секвенировать потенциально тысячи вирусных геномов в неделю по цене менее 15 долларов за образец» , – говорит Нин Чжан, научный сотрудник Института. Кафедра медицинской биохимии и биофизики Каролинского института и соавтор вместе с доктором философии. студенты Микеле Симонетти и Луук Харберс на одном факультете.

Сравнительный анализ 29 образцов, положительных по SARS-CoV-2, показал, что COVseq обладает той же способностью, что и стандартный метод, для выявления небольших изменений в геноме. Анализ 245 дополнительных образцов показал, что COVseq также обладает высокой способностью обнаруживать новые варианты коронавируса, вызывающие потенциальную озабоченность. Ключевым преимуществом COVseq перед существующими методами является экономичность.

«Наш недорогой метод может быть немедленно использован для геномного надзора за SARS-CoV-2 органами здравоохранения, а также может быть легко адаптирован к другим РНК-вирусам, таким как вирусы гриппа и денге», – говорит Никола Крозетто, старший научный сотрудник Медицинского департамента. Биохимия и биофизика, Каролинский институт и последний автор статьи.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *